O Departamento Clínico é composto por todas as clínicas do IPN onde os nossos alunos estagiam. Há cursos que têm estágio obrigatório e outros que é facultativo. Neste momento, o departamento clínico conta já com a Clínica Foz Vital - Clínica de Bioterapias e Longevidade, no Porto, o Centro Hipócrates de Terapias Naturais, em Matosinhos, o Centro Clínico Braga Vital, em Braga e a Dr Marcos Blood Diet (sistema Franshising).

No fim do curso, o IPN disponibiliza as suas clínicas aos alunos que estiverem interessados em iniciar o seu trabalho, sem qualquer custo, através de um sistema de protocolo, que permite ao aluno, sem qualquer investimento, utilizar as clínicas para as suas consultas particulares.